Hade kört med target till att börja med för att få in rörelsen. Att nämna att du tränar med klicker spelar egentligen ingen roll. Det betyder bara att du har en belöningssignal, en signal som säger att "Där! Just i den sekunden gjorde du det jag ville och här får du godis". De flesta som tränar med klicker som belöningssignal jobbar med shaping. Då formar man ett beteende genom att belöna hunden till rätt beteende i små små steg. 
Ska du shape:a in beteendet kan du börja med att klicka när hunden tittar ner (det är ingen mening att lära hunden att "titta upp", det kommer ändå se ut som nickningar när hunden tittar ner och sen i normalläge). Först en liten rörelse och sedan belönar du tydligare och tydligare "nickningar". 
Jag hade som sagt jobbat med en target (t ex en post-it lapp som jag lär hunden att titta på). Att lära hunden att nicka med hjälp av godis framför nosen kommer ta lång tid, i hundens huvud är det nog lätt att tro att den blir belönad att den följer godisen, inte att den rör huvudet på ett speciellt sätt.
Hoppas jag har förklarat tydligt nog! Lycka till med träningen! :)

Vänta ut tills hunden tittar ned eller upp, klicka och belöna. Repetera tills hunden förväntar dig att klicka när den tittar ned, klicka när hunden tittar upp mot dig igen. Fortsätt såhär successivt tills du kan få hunden att göra en hel nickning, då väntar du tills hunden visar dig två gånger, sedan kan du vänta till tre gånger, och så vidare. :)

jag började med att föra godisen upp och ner sen sluta jag att använda godis och bara va still då tittade hon på min hand (alltså ner) och då klicka jag men har inte kommit längre.. hur jag jag nu ? :)

Jag tror att när du visade upp och ner med godis följde hunden din hand snarare än att tänka på rörelsen hon gjorde. Mest troligt är det därför hon fortsätter att fokusera på din hand. När jag lärde min hund att nicka använde jag en nostarget (post it-lapp) som jag satte på marken. När han duttade klickade jag och belönade med godishanden i hans normala huvudhöjd, för att visa att belöningen finns när han tar upp huvudet. När han lärde sig det och automatiskt tog upp huvudet tokbelönade jag. Sedan shapade/väntade jag ut honom för att få honom att upprepa rörelsen och tog där någonstans bort targeten och satte på kommando.

ja jag tänkte så också.. ska testa kan jag ha två lappar? en som sitter på typ kylskåpet och ett på golvet? eller en på pannan? haha :)

Det tror jag inte behövs så länge du belönar uppåt :)

okej :)